ある日、聖チャペル学園寮が襲われ、夏子とカプセルが敵に奪われてしまった!追うハニー。その目前で敵のトラックが横転、大爆発を起こした。燃え立つ炎の中、ハニーは夏子を助けようとするが、すでにパンサークローとともにその姿は消えていた。だが、カプセルだけは、再びロベルトの手に戻ってきた。

夏子を助けるために、世界の果てまでもパンサークローを追いつめようと決心したハニーはロベルト、青児とともに決死の旅にでる。

パンサークローは、ハニーたちの行動をすべてキャッチしており、行く先々で常に危険が待ち受けていた。そんな命がけの日々の中、ロベルトはハニーに恋をする。密かにハニーを愛する青児は、そんなふたりの様子が気になっていた。

突然、パンサークローが不意打ちを仕掛けてきた。マシンガンが乱射される中、カプセルは再び敵の手に奪われてしまう。

メルカトの遺跡では、パンサークローの首領･クィーンガーラが蝶の羽化を祈る儀式を行おうとしていた。いけにえは夏子だ。思わず敵の目前に飛び出したハニーは、仕掛けられた罠にはまり、ロベルトとともに落とし穴に落ちてしまう。捕まった青児もいけにえの身となってしまった。

果たして、キューティーハニーはみんなを救い出すことが出来るのか。

そして、王国の秘宝とは、一体何なのか。