水の遺跡にたどり着いたウォーレンス達。神殿を開ける方法に気づいたが、闇タンバリン・ヤーダスにアクアストーンを奪われてしまう。取り返そうとバトルの時、ミコトが駆けつける。ミコト達はヤーダスのタンバリンの不思議なリズムに乗せられて、体が勝手に踊りだす。ピンチに陥るが、ヤーダスの弱点はオヤジギャグだった。ジンのオヤジギャグを使って、隙を作り撃退するミコト。その時、またしてもディアガーが現われた…。

ボニー第２の弟子・ジンの元で修行を続けるミコト。人気ゴンドリエーラにはなるものの、イソウェルの力が使えるようになる気配は無い。いつ使えるようになるのかと問い詰めるミコトに、ジンは親父ギャグではぐらかしてばかり。怒ったミコトは、ジンの元を飛び出してしまう。しかしその背後には魔族の手が忍び寄っていて…… 一方、秘石を求め謎ときを進めるウォーレンスらは、同じく秘石を狙うアルビダ一味に遭遇。秘石を巡る壮絶な争奪戦が始まる。

水の町アルセカにやってきたミコト達。しかし、パーンが荒くれ者に絡まれ、一触即発の事態に。だが、酔っ払いのテキトー男が喧嘩に割り込んで、見事、喧嘩を仲裁する。この男こそボニーの第二の弟子、ジンであった。アクアストーン探しをウォーレンス達に任せジンに修行をつけてもらうミコトだが、何故かゴンドラ乗りにさせられて……？

第2のボニーの弟子に会うために、アルセカに向かっているミコト達。途中、天空の遺跡アリベンに立ち寄る。そこでウォーレンスは、「天空の真珠」と呼ばれるお宝中のお宝を発見する。一旦はそのお宝を入手するも、お宝が意外なものに姿を変えてしまい唖然とする一同。加えて、その「無くなったお宝」をめぐり、この遺跡に住む「ラトの一族」と対立することになってしまう。お宝の行方はいかに。

アルセカへと向かうミコト一行は、嫌がるウォーレンスをよそにワッスルの街へと立ち寄る。苦い顔をするウォーレンス、実はその街は彼の故郷だったのだ。街で出会うウォーレンスの旧友、トニーとヘクター。すぐにミコト達と打ち解け、気さくに会話を交わすようになる。一方ウォーレンスは彼らの口から自分の過去がミコトの耳に入らぬよう孤軍奮闘するのだった。どうしても隠したいウォーレンスの過去とは一体どんなものなのだろうか？

アルセカの町を目指すミコト、ウォーレンス、ポロン、パーンは、旅費を稼ぐために向かった廃墟で、ハンターのレオに出会う。レオの目的は、廃墟に眠る伝説のエクスホリバーを手に入れて冒険王になること。けれども、一緒に探検していたカナとリナは、レオのわがままに手を焼いて去ってしまっていた。 ミコト達はひとりぼっちで困っていたレオを道連れに探検を続けるが、まわりのことを考えないレオに振り回されっぱなし。とんでもないハンターを道連れにしてしまったと後悔するのだが……

ミコト達の前にキングモンスターが現われた。ミコトが大きなダメージを受けてしまう。大事な弟子を傷つけられ、ブリが激怒。ブリは猛然とキングモンスターに攻撃を仕掛ける。何とか倒したかに見えたが、不意をつかれる。ブリ、ウォーレンス達がピンチのその時、ミコトが皆を庇うように飛び込み、イソウェルの力が発動した。見事、キングモンスターを撃退し、フレイムストーンを手に入れた。しかしその時、ディアガーが現われた…。

ボニーの弟子・ブリリアンに、なんとか認めてもらえたミコト達。早速、秘石を探し『赤い河の渓谷』へと向かう。しかし言い伝えの謎はなかなか解けず、秘石探しは難航。ミコトも、ヘマをして皆の足を引っ張ってしまう。「ボニーは何でこんな子弟子にしたのかしら」と呟くブリリアンに落ち込むミコト……うつむいて歩いているうちに、一同とはぐれてしまう。一方ディアガーは、ミコトの素性を調べるべくスパイを送り込んで……

ファーショに到着したミコト達。都会の雰囲気に沸き立ちながらも、ボニーの第一の弟子を捜す。「あのボニーの弟子だもん。強く て、優しくて、素敵な人だと思うんだ」と、ミコトの中で、第一の弟子に対する期待は上がる一方だ。そんな時、立ち寄った宿屋の食堂で食い 逃げが発生。食い逃げ犯を謎の力で倒して捕まえたのは、なんというか、随分個性的な男性……女性……乙女であった。

ファーショを目指し旅を続けていたミコト一行は、砂漠地帯の暑さを避けるため、遺跡へと赴く。しかしそこには、以前ミコト達と共に冒険をした女海賊アルビダが誰の許可を得ることもなく住みついていた。歓迎され食事を振舞われるミコト達であったが、アルビダ達の変貌ぶりに違和感を感じる。以前のアルビダとは異なり、とても親切で良い性格になっていたのだ。何かあると確信したミコト達はその原因究明の為に立ちあがるのだった。

パーンが一人、船頭となり、ようやくドリランド本土に近づいたミコト達。ウォーレンスは船酔いで、ポロンは空腹でぐったりしている。が、ミコトだけは、新しい冒険の始まりにワクワクしている。突如、ポロンが奇妙な魚に襲われ、幻覚を見始め、走り出す。それを追う一行であったが、思いがけず、「ディアガー」と出会う。彼は何かを探しているようなのだが、ひょんなことからミコトと対立してしまう。決戦のゆくえは果たして･･･

ファーショを目指し、船に乗って海を渡るミコト達。しかし、高波に飲まれ、船は沈没してしまう。ミコト達が目覚めると、そこは 美しい人魚たちが住まう海底洞窟。さらに、人魚姫のセーラが、ウォーレンスを夫に迎えると言い出した！　地上に戻る方法もない中、ミコト 達は雑用係としてセーラに仕えることとなる。そんなミコト達に、セーラの護衛の人魚、ロハンが話しかけてきて……？

ボニーの後を追い、エルアを出発したミコト達。まずは島を出ようと港町・コメスへと向かう。しかしベルが足りず船に乗る事が出来ない。足止めを食らった一行は、街に住む少女・イリアと偶然出会う。気の強いイリアとポロンは、口を開けば喧嘩ばかり。そんなイリアには、一つ心配事があった。数日前宝探しに行った兄・クムカが帰って来ないのだ。一緒に探しに行こうと提案するミコトだったが、その先には強いモンスターがいて……

エルアへと戻ったミコト達。普段の生活に戻るかに思われた。が、ある時、ボニーの使者・ピエールが訪ねてきた。ミコト達はピエールから、ボニーがキングモンスターの謎を追っていることを知らされる。そして、その手伝いをして欲しいと言う願いを受ける。ミコトたちは本土に旅立とうとするが、クレモアが立ちはだかる。行くなら自分を倒して行けと、立ちはだかるクレモア。その時、巨大なミミズのモンスターが現われた…！

エルアに戻るためパーンに案内されて「無限の迷宮」に向かったミコト、ウォーレンス、ポロン。４人はベルガーが後をつけて来ているとは知らずに迷宮を進む。 仕返しをたくらむベルガーは悪知恵を働かせてモンスターにミコト達を襲わせるが、その戦いのさなか突然迷宮に激しい稲妻が走る！驚くミコト達の前に現れたのは巨大なキングモンスターだった!! 超然と破壊の限りをつくすキングモンスター。追いつめられたミコト達は戦いを挑むが……

エルアへの帰路、資金調達と休息の為に宿場町「クワンカ」に立ち寄ったミコト達。だがクワンカは、不良ハンター「ベルガー一味」によって閉塞感に包まれていた。ミコト達が食事をとっていると、ベルガー一味と住民達との騒動に出くわす。その騒動の中心にいたのは、流水の神殿で出会った「パーン」であった。多勢に無勢であるパーンに対し、加勢を申し出るミコト。しかしパーンはその申し入れを断り、たった一人でベルガー一味に立ち向かうのだが･･･

エルアに向かい旅を続けるミコト、ウォーレンス、ポロン。その道中、荘厳な滝の地下に造られた『流水の神殿』で、モンスターに襲われる女海賊・アルビダに 遭遇する。何とかモンスターを退治するミコトらだったが、アルビダは性格に超が付くほどのワガママ。何故かそのまま、船着き場にとまるアルビダの海賊船ま で同行させられる羽目に。モンスターに襲われたアルビダの海賊船、その中に眠る、アルビダの大事なお宝とは……！？

遺跡を探検する3人。
ハンターになれると主張するミコトはウォーレンスは言い合いになった。甘やかされた姫にはなれないと主張するウォーレンス。そんな2人を尻目に、ポロンはお宝探しの才能をいかんなく発揮している。 …かのように見えたが、ポロンが拾っていたお宝は実はモンスターのワナだった！
突然始まるモンスターとの戦い！ 戦闘がきっかけで遺跡は崩れ、ミコトとポロンはウォーレンスとはぐれてしまう。ウォーレンスは巨大なモンスターにとらわれてしまった。ウォーレンスを助けようと必死になる2人。その必死な姿を見てウォーレンスに変化が…。 3人はふたたび旅を続けられるのか…。

ミコトはウォーレンスと共にエルアへ回り道で帰ることとなった。
その道中、モンスターに追いかけられている少年ポロンと出会う。
その少年は狩人を名乗り、夢は英雄になることだとうそぶいた。
やっとの思いで遺跡の外へ出たが、ミコトたちはギガントバードに畑を荒らされ困っている妖精の村へ迷い込む。
ポロンは困っている妖精を助けたい思いから、モンスターを退治することを申し出る。 しかしポロンは失敗ばかり。 苦労しながらも3人でギガントバードを倒し、そしてポロンが手に入れたものは…。

ここはドリランドにある小さな国、エルア。 姫のミコトはハンターにあこがれている。 ハンターとはドリランドのあちこちにねむっている宝を探す者たちのこと。 彼らはモンスターと戦いながら、宝を手に入れて生計を立てている。 ミコトは伝説のハンター、ボニーのもとで剣術を学んでいた。 そんなある日、ミコトは無断で城をぬけだし、危険がいっぱいの洞窟へ探検に出かけた。 ミコトが抜けだしたことに気付いた世話係のウォーレンスも後を追う。 遺跡の奥でミコトは初めての宝を手に入れたが、同時に恐ろしいモンスターに遭遇してしまう。 ウォーレンスがすんでのところで駆けつけ、モンスターに立ち向かった二人はこのピンチを乗り越えることができるのか、そしてミコトたちは無事にエルアへ帰れるのか。 帰るためには、まず目の前で暴れるモンスター、ブルーオーディンを倒さねばならない…。