デジタルワールドで起こった戦いは、力を合わせた人間とデジモンたちの勝利で終わった。
その戦いから1年後…。ストリートバスケチーム「クロスハート」のメンバー・明石タギルは、尊敬する先輩・工藤タイキとクラスメイトの天野ユウを追い抜き、いつかチームのトップスターになることを目指していた。だが、平和な日々を過ごすタイキの前に、突如として謎の少年たちが現れる。少年たちは「これから街で起こることに関わるな」という意味深な警告を残して立ち去って行く…。
街で起きつつある異変を知るよしもないタギルは、ある日ゲームセンターを訪れる。そこでタギルは時間の流れがおかしくなってしまったかのような奇妙な現象を目撃する。さらに周囲でうごめく何者かの気配が…。傷ついた誰かの声を聞いたタギルは、空間の歪みから「デジクオーツ」に入りこんでしまう。そこは現実世界とは異なる速さで時間が流れる世界だった！