破壊の化身か、最後の救世主か―

 広域指名手配犯・宇宙海賊キャプテンハーロック。 大戦中の英雄にして政府に叛旗を翻す、全宇宙の敵。

政府より下ったハーロック暗殺命令を受けた青年ヤマは海賊船 アルカディア号に乗組員を装い潜入するが、ハーロックに近づくにつれ、彼の目的とアルカディア号の正体、そして地球に隠された真実を知ることになる。

滅び行く世界の中、残された可能性に賭けようと闘うハーロックと仲間たち。だが真実を闇に覆う政府は密かに開かれた未来を閉ざそうとしていた。

終焉の時代、人類の未来を賭けた戦いが今、始まる。