冥王ハーデスとの死闘により力を失い、抜け殻となった星矢。
だが、アテナの姉にしてオリンポス十二神<月の女神アルテミス>は、神に抗った星矢を葬り去ろうと、3人の天闘士を送り込む。

しかし彼らの前に、沙織が立ちはだかり、アテナとしての地位を捨て、アルテミスに地上世界を受け渡すことを条件に星矢の命を救うのであった。

地上世界を支配したアルテミスは、汚れた人類を滅ぼそうとし、一方、女神の力を失った沙織は自らの血を流し人類を守ろうとする・・・。

その時、動くはずのない星矢の指が動いた！
星矢は、地上世界と沙織を守るため、這いずるように聖域へと向かう。紫龍、氷河、瞬、一輝らもアテナの元へと向かうが、その行く手に天闘士たちが現われる。

満身創痍になりながらも戦う星矢たち。やがてその前に、アルテミスだけでなく、アテナの兄にしてオリンポスの神もその姿を現す。

果たして星矢たちは、全宇宙で最強を誇る神に打ち勝つことが出来るのか？沙織と人類を守ることができるのか！？